在政权交替的关口，著名知识分子是国共两党争取与争夺的对象。在当年国民党中央研究院的81位院士中，除24位选择离开外，其余的都像竺可桢一样，选择了留下。

　　风雨欲来

　　1949年5月6日，距上海解放还有20天，杭州已经解放了3天。浙江大学校长竺可桢走在上海的枫林桥上。他刚刚去看了上海医学院的朋友回来，在此，与蒋经国不期而遇。蒋经国开口便劝竺可桢赶紧赴台，并说是以父亲的名义请他去。竺可桢婉言相却。

　　竺可桢确确实实感觉到了危险。这年2月，他得知浙江省主席陈仪被免职的消息。陈仪一向对浙江大学多有照顾，这让竺可桢“心里极为不安”。到了4月，有朋友透露消息给竺可桢，说他被国民党当局列入到一个“和平分子”黑名单中。

　　竺可桢是4月30日到上海的，5月2日他上街头买报纸，发现报载他已经“飞台湾”，这让他大为惊惶，不知消息从何而来。到了这种政权交替的关口，像竺可桢这样的著名知识分子，是国共两党争取与争夺的对象，他们的一举一动都成为政治风向的一部分，他们处境微妙复杂，也险象四伏。国民党方面要拉他去台湾，而且通过不只一条渠道向他表达。教育部长杭立武在他来上海的第一天就要他去台湾，但是他没有答应。后来，他的老友傅斯年从台湾来电，邀请他去台湾大学，他予以辞谢。这回，是蒋经国当面向他传递蒋介石的意思，让他去台湾。

　　如果国民党拉不走竺可桢，也不是不存在劫持或是暗杀的可能。从今天披露出的史料看，当年国民党军警就曾扣压了民主人士张澜和罗隆基，准备以押送台湾的名义，在途中将其处死，幸为潜伏在国民党中的中共地下党员所救。